Структура управления Фондом «Эффективное управление» выстроена на основе лучшего мирового опыта. Она обеспечивает независимость Фонда и приверженность его миссии и принципам. Для этого функции финансирования и управления деятельностью Фонда четко разделены.
Учредитель Фонда, обеспечивает финансовую поддержку Фонда, оставляя за Фондом полную независимость действий в рамках его миссии и принципов.
Международный консультативный совет гарантирует независимость Фонда и его строгую приверженность миссии и принципам. Кроме этого, Международный консультативный совет участвует в формировании стратегии Фонда, помогает выбирать и утверждает проекты, оценивает результаты деятельности Фонда и представляет Фонд в Украине и за рубежом. В его состав входят известные общественные и политические деятели разных стран мира с уникальным опытом и безупречной репутацией.
Директор Фонда осуществляет общее руководство Фондом, разрабатывает стратегию его деятельности, предлагает проекты на утверждение Международному консультативному совету и выступает публичным представителем Фонда. Также отвечает за подготовку, осуществление и оценку проектов Фонда